במהלך השנה הראשונה שלאחר תם מלחמת העולם הספיק המוסד לעליה ב' להתארגן, לרכוש ספינות נוספות ולהרחיב את פעולתו לארצות נוספות. כך היה עם הפלגת האוניה "מכס נורדאו" מנמל קונסטנצה, רומניה ב 7 מאי 1946 בידיעת השלטונות הקומוניסטיים כשעל סיפונה 1,666 נוסעים. נוסעיה נלכדו בלב ים והועברו לעתלית. לראשונה הגיעו בבת אחת כמות עולים שעברה את מכסת 1,500 המותרים לכניסה מידי חודש. מתחילה מצוקת מקום בעתלית. ​​

פעולות תנועת המרי מתחדשות עם התקפת האצל על מסילות הברזל ליד תל אביב, נען וכפר סירקין (10 יוני 1946), פשיטת הפלמ"ח ב 17 יוני 1946 על אחד-עשר הגשרים, התקפת לח"י יום לאחר על הרכבת בחיפה וחטיפת חמישה קצינים בריטיים. 22 יולי 1946 הפיגוע על ידי חברי אצ"ל במלון המלך דוד. ​​

ראשי הצבא והנציב העליון בישראל דרשו עתה ענישה חמורה יותר והחזרת המעפילים שנתפסו לנמלים שמהם יצאו. לאחר דיונים, ישיבות והתלבטויות החליט הקבינט הבריטי בישיבתו ב 7 לאוגוסט 1946 על העברת העולים הבלתי לגאליים שנמצאים בחיפה ואת אלה שיבואו בעתיד לקפריסין. ​​​

עד להקמתה של מדינת ישראל הועברו מעפילי מרבית (39) האוניות לקפריסין. האחרונה שבהן הייתה הספינה נחשון-הקסטל ב 26.4.1948. אחרי החלטת האו"ם בכ"ט בנובמבר' 1947 בדבר חלוקת הארץ והקמת מדינה יהודית וארגון הפלגת שתי אוניות 'הפאנים' עם למעלה מ-15,000 מעפילים (רובם יוצאי רומניה), המשיך 'המוסד' בפעילות ההעפלה על "אש נמוכה" עד להכרזת העצמאות. 

רק ספינות בודדות הצליחו לחמוק מהמצור והרדיפה של הצי הבריטי ולהגיע לחופי הארץ. ואלפי מעפילי הספינה אקסודוס הוחזרו להמבורג, גרמניה. 

זהו סיפורן של "הספינות שבדרך"...