ארגון מעפילי קפריסין (ע"ר) עוסק בהנצחת מורשת מפעל ההעפלה האדיר ותרומתו להקמת מדינת ישראל ובהנצחת המעפילים. 

​

בתקופת המחנות -

מפתיחתם ב 13 באוגוסט 1946 ועד סגירתם ב 10 בפברואר 1949, עברו ושהו במחנות מעל 53000 מעפילים. במהלך התקופה מתו 50 מעפילים מבוגרים ו 113 תינוקות. הם נקברו בבית הקברות בכפר היהודי מרגו בחלקה שהקהילה היהודית הקצתה למעפילים לבקשת יצחק ארצי, ממנהיגי המעפילים במחנות.

מרביתם של 50 המבוגרים נפטרו ממחלות שהתפשטו עקב התנאים התברואתיים הירודים וחסרון תרופות מתאימות לטיפול בהן.
כמה מעפילים ומעפילות נהרגו בתאונות. שניים נורו על ידי חיילים בריטים.
שלמה חיימסון הי"ד איש "שורות המגינים" נורה בידי חייל בריטי בעת נסיון בריחה של קבוצת מעפילים, והוכר כחלל צה"ל. משה לרר הי"ד נורה בעת הפגנה במחנה.

בשנת 1970 -

בעקבות פעילות ועד מעפילי קפריסין בהובלת אפרים גילן היו"ר - לשעבר מפקד במחנות מטעם ההגנה - והרב רחמני (דרמברדיקר) נשיא הועד, אישרה ממשלת ישראל בראשות גולדה מאיר את העלאת עצמות כל המעפילים.

המשימה הוטלה על הרבנות הצבאית בהובלת הרב שלמה גורן. צוות מיוחד של חופרים הגיע לשם כך לאי וב"מבצע מרגו" מוספרו ונחפרו הקברים והועלו העצמות.

הם נקברו בטקס ממלכתי בחיפה ב 163 קברים בבית עלמין שאך נפתח בכפר סמיר (היום שדה יהושע) בחלקה מיוחדת, כל אחד בקבר משלו לפי המספרים.
הטקס נערך בנוכחות ראש הממשלה גולדה מאיר, הרב הצבאי הראשי שלמה גורן, ראש עיריית חיפה משה פלימן, אפרים גילן ומכובדים נוספים ומאות בני משפחות מעפילים.
כשני שליש מהמצבות במרגו לא היו ניתנות לזיהוי ב 1970 עקב בלאי והתפוררות אבן הגיר הקפריסאית הרכה בקברים בהם היו רשומים שמות ומכיוון שמרבית התינוקות נפטרו בלידה ולא הוכנה לוחית שם עבורם.
בחיפה נרשמה על הכרית של קברים אלו הכתובת "אלמוני" או שם חלקי שניתן היה לזיהוי ("יוסף").​​​ 
את הכנת הרשימות והמיפוי במרגו ערך אפרים גילן בסיוע חברי הצוות.
במשך השנה פורסמו מאמרים בעיתונות אודות הנושא וקריאות למשפחות למסור פרטי נפטרים. אפרים גילן ועו"ד יצחק ארצי ריכזו את רישום הפניות שלא היו רבות.

​

משנת 2017
ארגון מעפילי קפריסין עורך טקס זיכרון שנתי בחלקה.
ביזמת ובהובלת אמיר רוגל ממייסדי הארגון, לקח הארגון על עצמו לזהות את שמות כל הנפטרים שבחלקה, את מקום קבריהם וליצור קשר עם המשפחות ולאפשר החלפת מצבות.

צוות מחקר מיוחד בשם "לתת שמות לאלמונים" הוקם לטובת הנושא. חברי הצוות הנוספים הם שייקה קריב, ראש צוות החופרים במשלחת הרבנות הצבאית מ 1970, משכית גילן בתו של אפרים גילן ורס"ן י' - ארכיאולוג חוקר בתי עלמין ואיש יחידת איתור נעדרים בצה"ל (אית"ן). הצוות פועל מאז.
בשנת 2020 בטקס הזיכרון שערך הארגון במלאת 50 שנה למבצע מרגו הוכרזו שמות שני תינוקות שזוהו ומבוגר אחד. המשפחות החליפו מצבות. 
עד כה הצליח הצוות לזהות כ 70 משמות האלמונים ואת מיקום קבריהם.
אחרי זיהוי מקום קברו של שלמה חיימסון הי"ד, פנה הצוות למשרד הבטחון בבקשה להחליף לו מצבה.
כנהוג במקרה של חללי צה"ל שמקום קבורתם לא נודע, מערך אית"ן הוביל את החקירה ובאוגוסט 2026 הוכרז על זיהוי החלל. המשפחה בברזיל, שאותרה קודם לכן על ידי ארגון מעפילי קפריסין, קיבלה את הידיעה אישית מנספח צה"ל בברזיל.